A Reitoria
Ao reitor compete convocar e presidir o conselho universitário; presidir com direito a voz e voto qualquer reunião de órgão Colegiado da Unesc a qual compareça; coordenar, superintender e fiscalizar todas as atividades da Unesc e zelar pela fiel execução e cumprimento do Estatuto e do Regimento Geral da Unesc.
Ao vice-reitor compete representar a vice-reitoria nos Colegiados em que tenha participação; substituir o reitor em suas ausências e impedimentos e exercer as demais atribuições a que lhe forem conferidas ou delegadas.
A Pró-Reitoria de Ensino de Graduação (Prograd) é o órgão executivo e deliberativo superior que coordena, superintende e supervisiona todas as atividades da Educação Básica e do ensino de Graduação e Sequenciais da Unesc. À Pró-Reitoria de Ensino cabe a responsabilidade de presidir a Câmara de Ensino de Graduação; participar das reuniões do Conselho Universitário e dos órgãos colegiados em que tenha assento; representar os interesses da Unesc, diretamente ou por delegação.
A Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão (Propex) é o órgão executivo e deliberativo superior que coordena, superintende e supervisiona todas as atividades de Pesquisa, Pós-Graduação e Extensão da Unesc. É de encargo do Pró-Reitor de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão presidir a Câmara de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão; participar das reuniões do Conselho Universitário e dos órgãos colegiados em que tenha assento; representar os interesses da Unesc, diretamente ou por delegação; coordenar, superintender e fiscalizar a execução das políticas, planos e atividades referentes à Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão em articulação com as Diretorias das Unidades Acadêmicas.
A Pró-Reitoria de Administração e Finanças (PROAF) é o órgão executivo e deliberativo superior que coordena, superintende e supervisiona todas as atividades administrativo-econômico-financeiras da Unesc. É de responsabilidade da Pró-Reitoria de Administração e Finanças presidir a Câmara de Administração e Finanças; convocar e presidir comissões ou órgãos a ela subordinados; representar os interesses da Universidade, diretamente ou por delegação; Promover a captação de recursos junto a órgãos de fomento, instituições financeiras e outros, acompanhando a liberação de verbas; coordenar, superintender e fiscalizar planos e atividades administrativo-econômico-financeiras, em articulação com as Diretorias das Unidades Acadêmicas.